Yakitate Ja-pan !Dans le monde, il existe plusieurs sortes de pains. Il y a ainsi du pain anglais, allemand ou français, mais il n'y a pas encore de pain japonais.
Un garçon, Azuma Kazuma, 16 ans, s'est mis en tête de créer ce qu'il appelle le « Ja-pan », un pain fait par et pour les japonais qui soit apte à remplacer le traditionnel riz de leurs repas et qui puisse faire jeu égal, au niveau international, avec notre baguette.
Kazuma dispose en outre d'un don exceptionnel : il possède des « mains solaires », plus chaude que celles de n'importe qu'elle autre personne, ce qui contribue à donner naturellement plus de goût aux pains qu'il fabrique.
Après avoir élaboré 55 pains depuis son plus jeune âge, Kazuma se met en route pour Tokyo afin de passer les tests pour travailler chez Pantasia, l'une des plus grandes chaînes de boulangeries du pays.
C'est là qu'il rencontre son futur acolyte Kawachi Kyousuke et la petite-fille du patron de Pantasia, Azugawa Tsukino, qui décide de les engager tous les deux dans la même boulangerie.
A partir de ce moment vont se succéder des concours de cuisine et des défis afin de définir qui sera le meilleur...